日本FBA JCT 标准申报流程主要包括确定申报周期、收集整理发票、计算应纳税额、填写申报表、提交申报表、缴纳税款以及保存记录等步骤，具体如下：
1、确定申报周期：JCT 的申报周期通常是按月或按季度，企业需要根据自身情况确定申报周期，并在日本国税厅官网进行申报周期的设置。
2、收集和整理发票：在申报期间，企业需要收集所有相关的销售和购买发票，包括发票日期、金额、税率以及供应商和客户的详细信息等，这些发票将用于计算应纳税额和可抵扣税额。
3、计算应纳税额：JCT 应纳税额的计算公式为：应纳税额 = 销售额 × 税率 - 可抵扣税额。可抵扣税额是指企业在购买商品或服务时支付的 JCT 金额，企业可以在申报时从应纳税额中扣除这部分金额。
4、填写 JCT 申报表：使用收集到的数据填写 JCT 申报表，内容通常包括公司基本信息、申报期间的销售额和税额、可抵扣税额的详细说明、应纳税额的计算等。
5、提交 JCT 申报表：完成申报表后，企业需要在规定的申报期限内提交。提交方式可以是邮寄纸质申报表，也可以通过电子申报系统提交。
6、缴纳税款：如果计算结果显示企业需要支付 JCT，那么需要在申报期限内完成税款的缴纳。支付可以通过银行转账、邮局汇款或使用电子支付系统等方式进行。
7、保存记录：无论企业是需要支付 JCT 还是可以享受退税，都必须保存所有相关的财务记录和申报文件，这些记录至少需要保存五年，以备日本国税厅的审查。
此外，自2024年10月起，日本取消跨境企业的简易申报和二割特例资格，所有企业必须采用标准申报。对于年应纳税额超过48万日元的企业，还需在财年第6个月（即 6 月 30 日）前预缴50%税款，剩余50%在年报时结清。
