日本清关时需要注意以下问题：
清关文件准备齐全：清关前需要准备提单、发票、装箱单等基本文件，确保三者信息一致。针对木托盘或木包装，需要提供熏蒸证明；进口冻品需要提供消毒证明；部分商品需要提前申请进口许可证。此外，还需提供报关委托书、报检委托书、提货委托书等授权文件。
如实申报货物信息：按照产品名称和真实市场价值进行申报，避免低申报。单票快件价值达到80美金、货物重量达到20公斤及包类、鞋类、针织品类，无论重量大小及申报价值高低，都必须提供通关用形式发票。申报单价至少按正常可售链接的30%申报，具体需根据海关要求调整。同时，需要如实申报货物数量，确保与实际装箱一致，严格做到货单相符。
确保货物不侵权：日本海关对侵权产品把控严格，一旦货物被认定为侵权，将被销毁，并可能追究法律责任和经济处罚。因此，需要特别注意货物是否涉及侵权，尤其是玩具类和3C电子类产品。
提供准确的收件人信息：清关时需要有当地收件人的正确联系方式，日本海关可能会拨打电话给收件人核实信息。此外，日本亚马逊在当地没有进口权，所有发往日本亚马逊的货物都必须有进口权货物才能完成清关，因此需要有一个日本当地的进口商作为收件公司，并提供收件公司的地址、电话和收件人信息。
注意特殊产品的认证要求：所有直接或间接与口接触的产品，以及涉及药事法、他法令产品的货物，都需要做认证。若未遵守日本相关法律要求，货物可能会被拒绝清关。
关注海关查验与防疫要求：海关有权对货物进行查验，需配合海关工作。针对进口冻品等高风险货物，海关可能要求提供消毒证明或静置等待防疫期满。此外，年底海关查货率可能会提高，需特别注意如实申报。
注意包装与标识要求：包装需坚固、完好、轻便，便于搬运、装卸和码放。包装外面不能有突出的钉、钩、刺等，且需整洁、干燥、无异味和油渍。物品应固定在包装箱内，与箱体间不留空隙，使用填充物填满。箱子内包装物品间不得相互碰撞，若有间隙可使用填充物填满。此外，外箱需体现箱数，如“XMEPS-JP-KIX4，1-20”，并标注“MADE IN CHINA”。产品及产品包装上的LOGO不可带有侵权的纹路、图案及文字。
日本清关时需特别注意清关文件的准备、如实申报货物信息、确保货物不侵权、提供准确的收件人信息、关注特殊产品的认证要求、配合海关查验与防疫要求，以及注意包装与标识要求。通过提前准备和严格遵守相关规定，可以确保货物顺利清关，避免延误和损失。
