日本物流常见的附加费有以下几种：

1、偏远地区附加费：一些地理位置较为偏远的地区，如北海道、冲绳等，由于运输成本较高，物流公司通常会收取偏远地区附加费。收费标准一般是加收 5 - 10 元 / KG，最低收费 500 - 800 元 / 票，并且可能对货物尺寸有限制，如只接收三边≤160cm 的货物。

2、品名申报附加费：如果申报的物品是衣服、裤子、鞋包等高关税商品，或者带有特殊标志，以及品名超过 5 个、产品 PCS 超标的，物流公司会收取品名申报附加费，因为这些情况会使申报流程变得复杂，增加物流公司的成本。

3、超长附加费：不同快递公司对于超长的标准不同。例如，DHL 国际快递规定货物单边长度≥120cm 就要征收附加费；在双清到门服务中，2 宽 + 2 高 + 1 长 > 260cm，或者最长边超过 100cm，或第二长边超过 75cm，满足其中一个条件都会收取超长附加费，超过的长度越多，费用越高。

4、超重附加费：当单个包裹超过 22 公斤时，快递公司一般会收取超重附加费，如双清到门服务中，单件高于 22kg，收取超重附加费 180 元 / 件。

5、港口附加费：因港口特殊情况产生，如港口拥挤、装卸设备有限、船舶拥挤、海关检查等，具体费用由船公司和货代根据实际情况确定。

6、燃油附加费：因油价上涨等原因产生，由船公司或货代根据市场行情确定，会根据燃油价格波动进行调整，调整频率可能是每月或每季度一次。

7、送货附加费：因送货方式不同产生，比如快递方式比普通物流费用高，客户选择快递送货可能需支付额外费用。

8、文件处理费：用于处理运输过程中的各种文件和单据，如提单、发票、装箱单等，金额由船公司和货代根据实际情况确定。

9、货币转换费：因日元与其他货币汇率变动产生，如果汇率波动导致货币转换次数增多，客户可能需支付更多费用。

10、税金附加费：因各国税收政策不同产生，在日本主要涉及关税、消费税等，会影响运输成本。

11、特殊货物附加费：对于危险品、食品、冷冻货物等特殊货物，由于运输过程中需要采取特殊措施和设备，会产生额外费用。

12、清关手续杂费：货物进口或出口时，因清关手续复杂产生，包括海关检查、检疫检验等环节产生的费用。

13、堆场费：将货物储存在港口或物流中心期间产生的费用，包括货物的入库、出库、装卸、仓储和保管等环节的费用。

14、终端附加费：将货物从港口送到最终目的地产生的费用，包括货物的运输、配送、装卸、进出口手续等费用。

15、超龄库存附加费：在亚马逊日本站，存放时间超过 365 天的库存，会提高此费用。

16、仓储利用率附加费：适用对象为使用专业账户且仓储利用率超过 26 周的卖家，大件和超大尺寸商品、非服装和鞋靴类商品的小号和标准尺寸分段商品、服装和鞋靴类商品的所有尺寸分段商品，都可能收取此费用。

日本物流的附加费种类繁多，涵盖了运输、仓储、清关等各个环节，其产生的原因主要是由于运输距离、货物特性、市场行情、政策法规等多种因素。在选择日本物流服务时，客户需要充分了解这些附加费的收取标准和规则，以便准确评估物流成本，做出合理的物流决策。